Położenie geograficzne Krynicy na południowych nasłonecznionych stokach stwarza specyficzny mikroklimat leczniczy charakteryzujący się znacznymi różnicami temperatur między dniem a nocą, znaczną ilością dni słonecznych i utrzymywaniem się przez długi czas pokrywy śnieżnej (od połowy listopada do końca marca). Warunki te dają doskonałą możliwość do uprawiania
turystyki kwalifikowanej, jak również
narciarstwa alpejskiego i klasycznego w okresie zimowym.
Średnie temperatury w okresie najbardziej przydatnym dla
wędrówek pieszych w górach są stabilne i wynoszą około 21°C w maju, maksymalnie 25°C w lipcu. Dzienne wahania temperatury w Krynicy nie przekraczają 8°C.
Z uwagi na dużą ilość ozonu w powietrzu liczba pogodnych dni od maja do września jest tutaj znacznie większa niż w innych rejonach Beskidu Sądeckiego oraz w samej Kotlinie Sądeckiej. Najwięcej opadów notuje się w Krynicy w czerwcu, najmniej we wrześniu.
Walory klimatyczne podnosi duża lesistość okolicy, a także dobra przewietrzalność dolin. W krynickim powietrzu wyczuwa się olejki eteryczne (głównie drzew iglastych) mające działanie uodporniające i bakteriobójcze. Ogromnym atutem dla miejscowego mikroklimatu jest brak uciążliwego dla środowiska przemysłu. Skład powietrza, wolnego od zanieczyszczeń, wykazuje zmniejszoną zawartość jodu i zwiększona ozonu, co jest istotne przy leczeniu niektórych chorób.
Możemy wyróżnić tu tak zwany klimat górski i podgórski – w zależności od wysokości nad poziomem morza, warunków przyrodniczych i ukształtowania geograficznego.
Klimat podgórski występuje w miejscach położonych do 500m.n.p.m., natomiast w wyższych partiach wyróżniamy już klimat górski (podalpejski). Na terenach położonych do 600m.n.p.m. rozciąga się strefa umiarkowanie ciepła. Średnia roczna temperatura wynosi około +6°C; najwyższa w lipcu –ok. +17°C, a najniższa w styczniu – ok.-3,6°C. W górach od 600 do 1100m.n.p.m. rozciąga się strefa umiarkowanie chłodna, ze średnią temperaturą roczną około +4°C, lipcową ok.+15°C, styczniową ok.-4,5°C. Znacznie surowsze warunki klimatyczne istnieją w partiach szczytowych osiągających 1100m.n.p.m i więcej (Jaworzyna Krynicka).
Ciśnienie atmosferyczne osiąga średnią roczną 945hPa (na wysokości 600m.n.p.m.) i maleje wraz ze wzrostem wysokości nad poziomem morza. Na szczycie Jaworzyny Krynickiej średnie wartości spadają do 890hPa.
Czas wegetacyjny w okolicach Krynicy trwa średnio 170 – 185 dni. Pierwsze przymrozki występują tu już początkiem października, a ostatnie w połowie maja. Długość okresu bezprzymrozkowego wynosi średnio 140 dni.
Opady atmosferyczne, choć zwykle utrudniają wypoczynek – powodują samooczyszczanie atmosfery i poprawiają stan jonizacji powietrza, co mimo że nie jest widoczne, wyraźnie wpływa na samopoczucie i sprzyja klimatoterapii. Liczba dni z opadami oraz suma opadów atmosferycznych rosną wraz z wysokością nad poziomem morza. Średnia roczna suma opadów w Krynicy wynosi 890mm, a średnia roczna ilość dni z opadem wynosi 171 (ok.14 dni na miesiąc). Od listopada do marca prawie wszystkie opady mają postać śniegu (śnieg pada w Krynicy średnio przez 70 dni w roku). Długość zalegania pokrywy śnieżnej wynosi ok. 120 dni. Znacznie dłużej utrzymuje się śnieg na północnych stokach gór i w głębi lasu. Jej średnia grubość wynosi ok. 30-35cm, choć w niektórych latach dochodzi do 60cm (miejscami 100cm), co stwarza warunki do uprawiania narciarstwa na pobliskich stokach. Na Jaworzynie Krynickiej grubość pokrywy śnieżnej prawie zawsze przekracza 1m dochodząc miejscami do 2m, a okres jej zalegania przekracza pół roku.
Specyficzny mikroklimat samej Krynicy objawia się tym, że ok. 27% dni w roku jest tu bezwietrznych. Powoduje to położenie uzdrowiska w śródgórskiej dolinie.
Wiatry halne (w tych rejonach to tzw. wiatry ryterskie) powstają w wyniku przepływu mas powietrza przez barierę górską. Na dowietrznych stronach gór wznoszące się powietrze ulega ochłodzeniu, często występują tam opady. Osiągając grzbiet górski powietrze tworzy charakterystyczny wał chmur i spada na stronę zawietrzną ogrzewając się o 1°C na każde 100m spadku wysokości. Efektem tego są silne, czasami nawet huraganowe wiatry (często wywołujące duże szkody materialne), wzrost temperatury i spadek wilgotności. Zjawiska takie mają miejsce w Krynicy średnio przez 30 dni w roku.
